雨下到第十三天，城里所有钟表的秒针都生了锈。老钟表匠林迟把最后一块铜芯拆下来，发现齿轮的齿缝里嵌着细碎的蓝玻璃——像谁把天空敲碎后偷偷塞进了时间。他忽然想起二十年前那个同样漫长的雨季，自己亲手把同样的玻璃渣放进一个男孩的掌心。
那男孩叫阿川，左耳缺了半块，是父亲用啤酒瓶砸的。林迟在给海关大楼修塔钟时遇见他，孩子正用铁丝从排水沟里勾别人扔的烟盒。钟表匠蹲下时，雨把阿川的睫毛压成湿透的鸦羽，他摊开手掌露出七片蓝玻璃："叔，这是从我妈化妆镜上掉下来的，能换块面包吗？"
林迟用镊子夹起玻璃对着路灯看，每片都沾着指甲油的金粉。他给了男孩三个月的学徒工钱，条件是每天放学后到作坊来。阿川学会了用煤油清洗生锈的发条，也学会了把耳朵贴在钟壳上听擒纵器的哭泣。某个黄昏，孩子突然问："时间是不是也会疼？要不它怎么总在夜里滴答滴答地哭？"
那年冬天海关的塔钟提前37秒敲响新年，港务局的科长在钟楼下摔碎了保温杯。林迟被调查组带走前，把作坊钥匙塞进阿川的球鞋——鞋尖还沾着机油和面包屑。男孩在钟表里藏了张纸条："叔，我把秒针调慢了，这样你回来的那天就会晚点到来。"
现在林迟着铜芯上的玻璃，听见阁楼传来熟悉的滴答声。自从上周开始，整座城的钟表都开始以不同的速度奔跑，有的快得像要追赶什么，有的慢得仿佛在哀悼。电视台说这是地磁暴影响，但老钟表匠知道，是阿川回来了。
雨幕中传来轮船汽笛，声音像被水泡烂的纸。林迟撑着黑伞走到码头，看见二十岁的阿川站在集装箱之间，右耳戴着铜质助听器——那是用当年作坊里最后一块黄铜雕的。青年脚边放着的不是行李，而是个滴答作响的巨大玻璃球，里面悬浮着无数齿轮和半截彩虹。
"我偷了时间。"阿川的助听器在雨里闪着微光，"从世界各地的钟表里，每天借三十秒。"他指着玻璃球里缓慢旋转的机械心脏，"攒了七年，够让倒流三分钟。"林迟的伞沿开始滴水，他注意到青年的左手缺了无名指——据说是某天在瑞士银行地下金库被激光网切掉的。
他们回到作坊时，墙上的挂钟集体发出咳嗽般的声响。阿川打开玻璃球，齿轮像银色鱼群游进空气，在雨声里编织成发光的网。老钟表匠看见二十年前的自己正在网中复活：年轻的他蹲在排水沟边，正把面包递给那个耳朵流血的男孩。
"三分钟够做什么？"林迟问。阿川的助听器突然发出尖锐的蜂鸣，青年从怀里掏出个生锈的闹钟——表盘上刻着歪歪扭扭的"迟川"二字。"够让当年那个科长重新接住他的保温杯。"玻璃球开始融化，雨水在接触齿轮的瞬间凝结成蓝冰。
当第一片蓝冰落在林迟手背时，他闻到面包和机油混合的味道。时间开始倒流：摔碎的保温杯复原，海关塔钟的指针逆转，年轻的林迟在作坊门口转身，看见本该在二十年后来到的男孩。但这次他没有交出钥匙，而是把阿川拉进屋内，用镊子夹出他耳廓里的玻璃碎片。
"时间不会疼。"老钟表匠听见自己二十年前的声音说，"是我们把疼放进了时间里。"蓝冰融化成雨，玻璃球里的齿轮开始正常转动。阿川的助听器掉在地上，滚进排水沟时发出清脆的"叮"。
雨停了。城里所有钟表在上午10:37同时恢复同步。海关大楼的塔钟敲出准点的钟声，惊起一群白鸽。林迟在作坊窗台发现个新刻的记号：两把交叉的螺丝刀，中间嵌着片完整的蓝玻璃。下面有行小字："叔，这次我把秒针调回来了。"
老钟表匠把铜芯装回座钟，发现最后一片蓝玻璃正好填补齿轮的缺口。当他上紧发条时，听见钟壳里传来极轻的笑声——像二十年前那个雨天，男孩把耳朵贴在钟面上，突然说："原来时间在笑啊。"