贾琮上任伊始，便以雷霆手段整顿兵马司。第一道令便是裁撤冗员，那些倚仗家族关系混入的纨绔子弟，尽数革除。他令这些纨绔徒步十公里以验体力，结果大多半途而废。腾出的职位，悉数招募贫寒出身、武艺精湛的青壮充任。
为严明军纪，贾琮颁布《兵马司十诫》：
一、严禁勒索商户，违者革职查办；
二、严惩贪墨军饷，情节严重者抄家问斩；
三、严守岗位，擅离职守者严惩；
西、严禁斗殴滋事，违者重责；
五、禁绝赌博酗酒，违者杖责二十；
六、强化训练，提升战力；
七、建立举报机制，鼓励揭发不法；
八、论功行赏，激励将士；
九、明令禁止欺压百姓；
十、建立商户联席会议，共商治安。
《兵马司十诫》的颁布，如同一记重锤，狠狠砸在了兵马司内部的腐败与懒散之上，使得整个兵马司为之一振，纪律严明，军容肃整，京城治安得到了极大的改善。
针对过往吏役巧立名目盘剥商户之弊，贾琮明定规费：
- 治安费按月收取：青楼千两，帮派：500两，当铺五百，酒楼：50-100两，客栈二十，大铺5两、中铺2两，小摊只收卫生费；
- 消防费：专款专用，购置器械；
- 卫生费：雇佣专人打扫，账目公示。
每月朔望之日，贾琮亲临衙门口受理商户投诉。有兵丁私收费用，当场杖责；有市霸勒索，立即锁拿。商户们交口称赞："贾大人明镜高悬，这钱交得明白！"
为让商户见得实效，贾琮推行：
- 消防改革：商户编为"防火甲保"，设火长督训。重点街区增设更夫兼消防哨，夜巡防患。
- 治安强化：推行"商户联保"，相邻互监。薛蟠纵奴行凶，被当街锁拿，市井震动。
饷银制度亦经改革：
- 固定饷银：兵丁三两，小旗五两，百户八两；
- 破案奖：缉盗赏一两，大案五至十两；
- 廉洁奖：全年清廉者年终加饷。
晋升唯才是举：兵丁累计十奖可升小旗，将领年考升迁，世家特权尽废。将士们都说："如今卖力干事就有厚赏，谁还贪那几钱银子？"
成效立显：
- 商户称颂：茶楼酒肆皆传"贾青天"美名；
- 权贵不满：被裁纨绔如贾芹等向王夫人哭诉，有些找关系想把贾琮换掉，但是只要那两位不说话，谁都动不了贾琮；
贾琮以"高薪养廉+严刑峻法"整顿，虽提高规费，商户负担反轻。兵马司月入十万两，六成缴内务府，余者一成用于奖赏、一成用于装备，一成存入公账，一成归贾琮，虽然未登记造册，但也未背着皇上。
贾琮深知，若要兵马司真正清明，还需从根源上解决问题。那些京城的勋贵子弟，倚仗家族势力，横行街市，欺压百姓，兵马司不敢管，也管不了，对兵马司的形象造成了极大的损害。
于是，贾琮下令对所有勋贵子弟一旦当街闹事或者醉酒闹事或者有违法乱纪者，一律严惩不贷。他亲自监督，确保每一项调查都公正无私。就比如当初的吏部侍郎的儿子吴有才，当街调戏良家女子
，被贾琮当场抓获，不仅打了二十大板，还被关入大牢，首到其家族前来赎人。还有不怕死的，比如中顺王庶子，醉酒后在醉仙楼打砸，发疯，无人敢管，刚好贾琮经过，
当即将中顺王庶子拿下，不顾中顺王的权势，依法严惩。此事一出，满城勋贵皆惊，再不敢轻易放纵子弟胡作非为。贾琮又设立举报机制，鼓励百姓对勋贵子弟的不法行为进行举报，一旦查实，必有重赏。这一举措，更是让勋贵子弟们收敛了许多，兵马司的形象也因此得到了极大的改善。贾琮深知，这仅仅是开始，要想让兵马司真正成为守护京城的铜墙铁壁，还需付出更多的努力。
同时，贾琮还推行了一系列教育措施，
- 将士习武认字，培养责任感；
- 定期操演，提升战力；
- 建立档案，记录功过。
贾琮深知，此仅开端。要让兵马司真正成为护城铁壁，尚有漫漫长路。然第一步既己迈出，便再无回头之理。